La mayor parte de las reacciones adversas son gastrointestinales y están relacionadas con su mecanismo de acción al impedir la absorción de las grasas ingeridas. Las reacciones más frecuentes son: flatulencia con evacuación fecal, urgencia fecal, heces grasas u oleosas, evacuación oleosa, aumento de las posiciones e incontinencia fecal. La incidencia de estas reacciones es mayor a medida que aumenta el contenido de grasas en la dieta. Se debe advertir a los pacientes sobre la posibilidad de que se presenten efectos secundarios gastrointestinales. El consumo de una dieta baja en grasas disminuye la probabilidad de reacciones digestivas, por lo cual los pacientes deben vigilar y regular su ingestión de grasas. Estas reacciones digestivas adversas son en general leves y pasajeras. Sobrevienen al principio del tratamiento (en los 3 primeros meses) y la mayoría de los pacientes experimenta sólo un episodio. Otros efectos adversos gastrointestinales son: dolor y molestias abdominales, flatulencia, heces líquidas, heces blandas, dolor y molestias rectales, trastornos dentarios y trastornos gingivales. En los ensayos clínicos, algunos pacientes con diabetes tipo 2, experimentaron bajos niveles de glicemia durante el tratamiento.
