Los más frecuentes son de tipo gastrointestinal: dolor abdominal, diarrea, flatulencia, náuseas, dispepsia, vómitos.
Sistema Nervioso Central y Periférico: cefalea, mareos, convulsiones.
Piel: exantema, alopecia, trastornos exfoliativos de la piel, incluyendo Síndrome de Stevens-Johnson y necrólisis tóxica epidérmica.
En algunos pacientes, particularmente en aquellos que presentan enfermedades graves
subyacentes tales como Cáncer o SIDA, se han observado, durante el tratamiento con fluconazol y fármacos comparativos, alteraciones en los resultados de las pruebas de función renal, hematológica y anomalías hepáticas, aunque su significado clínico y su relación con el fármaco es dudosa.
Hepato-biliar: toxicidad hepática incluyendo algunos casos excepcionales mortales, incremento de fosfatasa alcalina, aumento de bilirrubina, aumento de SGOT, aumento de SGPT, insuficiencia hepática, hepatitis, necrosis hepatocelular, ictericia.
Hematológico y linfático: leucopenia incluyendo neutropenia y agranulocitosis, trombocitopenia.
Sistema inmune: anafilaxia (incluyendo angioedema, edema facial, prurito).
Metabólico/Nutricional: hipercolesterolemia, hipertrigliceridemia, hipokaliemia.
Otros sentidos: alteración del gusto.
El Fluconazol es teratógeno en roedores y se ha relacionado con deformidades óseas y cardiacas en por lo menos tres lactantes nacidos de dos mujeres que tomaban altas dosis durante el embarazo. Por lo tanto, se debe evitar durante el embarazo a menos que el beneficio potencial justifique el posible riesgo para el feto .
