Las reacciones secundarias se presentan ocasionalmente y son moderadas; entre ellas se encuentran: Dispepsia (6%), nausea (3-7%), diarrea (3%), cefalea, mialgia y miopatía, exantema, vértigo, impotencia y perdida del cabello. Se ha reportado en raras ocasiones fotosensibilidad. Estos efectos secundarios son frecuentemente transitorios y se presentan al inicio del tratamiento. Como ocurre con otros medicamentos del grupo, se han reportado pacientes que presentan mialgias, miopatías, incluyendo miositis y en algunos casos rabdomiólisis. La aparición de dichos eventos musculares tiene relación con la dosis, de ahí que la dosis diaria no debe exceder de 100 mg. Se debe advertir a los pacientes que, en caso de presentar síntomas como dolor muscular, rigidez o debilidad sin causa aparente, notifique a su medico de inmediato, para la determinación de CPK sérica, en caso de que se confirme la miopatía y que los niveles de CPK se encuentren elevados, se deberá suspender la administración del ciprofibrato. En la mayoría de los casos la toxicidad muscular es reversible posterior a la suspensión del tratamiento.
Se han reportado casos aislados de pacientes con neumonitis y fibrosis pulmonar.
