La Fexofenadina no se biotransforma por vía hepática, y por lo tanto no interacciona con otros medicamentos que se metabolizan a través de mecanismos hepáticos. Las interacciones medicamentosas se realizan con criterios farmacocinéticos debido a la administración concomitante en plasma. Los cambios no están acompañados por prolongación del intervalo QT y no se han asociado con incremento de efectos adversos comparado con el medicamento utilizado solo.
Se han observado en animales un aumento en los niveles plasmáticos de Fexofenadina tras la administración concomitante de Eritromicina o Ketoconazol, parece deberse a un aumento de la absorción gastrointestinal y a una reducción en la excreción biliar y secreción gastrointestinal, respectivamente.
No se han observado interacciones entre Fexofenadina y Omeprazol. Sin embargo, la administración de antiácidos que contienen hidróxido de aluminio y magnesio una media hora antes de la toma de Fexofenadina Clorhidrato, dio lugar a una reducción en su biodisponibilidad, debido probablemente a la unión del antiácido con la Fexofenadina. Se recomienda espaciar la administración de Fexofenadina Clorhidrato y de antiácidos que contengan hidróxido de aluminio y magnesio