Los estudios de posibles reacciones adversas por su uso a largo plazo son limitados. Se han informado algunos casos de leves trastornos gastrointestinales (nauseas, diarrea, constipación), que no hacen necesario suspender el tratamiento.
Hay comunicaciones de casos esporádicos de reacciones alérgicas. Se han observado excepcionalmente casos de retención de agua en pacientes con insuficiencia renal, lo que puede atribuirse a un efecto osmótico del Condroitin Sulfato.