El omeprazol es bien tolerado. Esporádicamente se han presentado síntomas de cefalea, diarrea, náuseas y mareos, erupción y prurito. En casos aislados, fotosensibilidad, eritema multiforme, alopecia, artralgia, debilidad muscular y mialgia, parestesia, somnolencia, insomnio y vértigo; confusión mental reversible, agitación, depresión y alucinaciones, sobre todo en pacientes con enfermedad severa, dolor abdominal, sequedad de boca, candidiasis gastrointestinal y estomatitis. Raramente se han informado incremento de las enzimas hepáticas, ginecomastia., leucopenia y trombocitopenia, así como reacciones de hipersensibilidad, por ejemplo, urticaria (rara), angioedema, fiebre, broncoespasmo, visión borrosa y trastornos del gusto, siendo estos efectos transitorios, y en ningún caso implicaron la supresión del tratamiento. Dosis orales de 8 cápsulas por día han sido perfectamente toleradas y hasta 26 cápsulas por día durante 3 días fueron bien toleradas.
Ocasionalmente, se cita encefalopatía en pacientes con enfermedad hepática severa preexistente, hepatitis con ictericia o no, y falla hepática
