Por via oral el fluconazol es bien absorbido, con niveles plasmáticos (y biodisponibilidad sistemática) superiores al 90%, respeto a los niveles alcanzados tras la administración intravenosa. La absorción por via oral no se ve afectada por la administración conjunta de alimentos. Las concentraciones plasmáticas máximas en ayunas se obtienen entre 0, 5 y 1, 5 horas postdosis y son proporcionales a la dosis. Un 90% de los niveles en estado de equilibrio se alcanzan a los 4 o 5 días tras dosis múltiples una vez al día. La administración de una dosis de carga (el día 1), doble de la dosis diaria habitual, eleva los niveles plasmáticos al 90% de os niveles en estado de equilibrio, ya el día 2.
El volumen aparente de distribución se aproxima al total del agua corporal. La unión a proteínas plasmáticas es baja (11-12%).
La penetración en todos los líquidos corporales estudiados es alta.
En saliva y esputo son similares a los niveles plasmáticos. En pacientes con meningitis fungida, la concentración en el líquido cefalorraquídeo es aproximadamente el 80% de la plasmática. Se alcanzan elevadas concentraciones, por encima de las concentraciones séricas, en el estado corneo, en la dermis y epidermis y en el sudor ecrino. Se acumula en el estado corneo.
A la dosis de 150 mg 1 vez a la semana, la concentración de fluconazol en el estrato corneo en el día 7 era 23,4 g y 7 días tras la segunda dosis aun era de 7,1 g.
En las uñas tras cuatro meses de administración de 150 mg una vez a la semana, fue de 4,05 g en uñas sanas y 1,8 en uñas enfermas, era aun medible en muestras de uñas tomadas 6 meses tras la finalización del tratamiento. Se metaboliza muy poco. Solo el 11% se excreta metabolizado en orina. La semivida de eliminación plasmática es aproximadamente 30 horas. Su eliminación es preferentemente renal, apareciendo en la orina el 80% de la dosis sin modificar. El aclaramiento es proporcional al aclaramiento de creatinina. No hay evidencia de metabolitos circulantes.
En pacientes de edad avanzada el uso concomitante de diuréticos no altero significativamente el AUC ni la Cmáx. El aclaramiento de creatinina (74 ml/min), el porcentaje de fármaco inalterado recogido en orina (0-24 h, 22%) y el aclaramiento renal estimado de fluconazol (0,124 ml/min/kg) en pacientes de edad avanzada fue, en general, menor que en voluntarios más jóvenes. Así, la alteración de la disposición en pacientes ancianos puede estar relacionada con la reducción de la función renal característica de este grupo.